Además de profundizar los estragos que ya causan sobre la cuenca del Maipo los efectos del cambio climático y una intensa actividad industrial, desde sus inicios Alto Maipo ha presentado deficiencias fundamentales con relación a su evaluación ambiental.
En primer lugar, se omitió de la evaluación algunos impactos al medio ambiente relevantes—lo que no está permitido por la ley— como son el impacto de sus bocatomas sobre la fauna íctica, la evaluación del impacto sobre especies sensibles y el impacto sobre vegas y humedales, entre otros. Además, su operación implica una serie de riesgos no considerados como la ubicación de sitios de acopio o botaderos ubicados en zonas con riesgos de aluvión.
Pero, sin duda, el impacto más severo sucedería en la etapa de operación y tiene que ver con el desvío de los caudales de los ríos para la generación energética y el “caudal ecológico” remanente. Dichos caudales ecológicos se basan en datos de entre 1950 y 2005, que están lejos de reflejar la realidad actual en el contexto del cambio climático y la sequia ya instalada en la zona. Actualmente, los modelos de caudales en la cuenca del río Maipo arrojan una disminución significativa, con la que esos caudales ecológicos no serían capaces de asegurar la biodiversidad ni la realización de actividades económicas, principalmente las relacionadas con el turismo y la recreación como son el rafting y el kayak.
Alto Maipo acumula un historial judicial de más de una década, enfrentado acciones legales en su contra interpuestas por diferentes organizaciones de la sociedad civil, como la Coordinadora Ciudadana No Alto Maipo y la Red Metropolitana No Alto Maipo, y entidades gubernamentales como CONAF, el SAG y la DGA. A pesar de los cuestionamientos, sanciones y deficiencias demostradas del proyecto, la autoridad ha permitido su dañino avance.